Kext Updaterを起動したらOpenCoreの0.5.9が来ていました。OpenCoreに移行してから初めてのアップデートだったので、戸惑いました。使用しているefiファイル類を、ダウンロードされたEFIフォルダの中のefiファイルで一つ一つ置き換えました。問題なく動いているので、この方法で正しく更新できたかと思ってます。
追記：コメントで指摘いただいて気付きました。上の作業ではconfig.plistはそのまま流用していましたが、0.5.9に添付してきた新しいsample.plistを見ると、形式が多少変更されているようです。BlockというキーがDeleteに変更されていたり、Quirksが入れ替わったりしていました。ガイドのページの内容も0.5.9に対応しているので、古いconfig.plistと比較しつつ、新しいsample.plistを元に新しいconfig.plistを作るのが良いようです。Proper TreeのOC Clean Snapshot機能を使えば、ACPI, Drivers, Kexts, Toolsの内容は反映されるので、比較する場所はそれほど多くないです。また、Proper Treeを使えばキーの内容をまとめて削除・コピーできるので、古いconfig.plistからの設定の移行作業も楽でした。