mifjpn さん、
お疲れ様です。
このr5099のCoverbootを今日から、使用開始いたしました。
その導入作業（r５０９６からのアップデート）において、気づいたことをまとめてみました。
a. 「Kext updaterがcloverのバージョン管理もしてると思っていましたが..」
その通りで、私も同様にこのように理解していました。
でも、実際のところ Kext Updater（v 3.2.6) における 「安定かつ推奨レベル」のセンサーの良し悪しが変わったようです。
同類のHacintosh用ツールである「Hacintoshtool(v2.8.6)」のBootloaderメニューには、”Latest Available
Version”として、5099が表示されます。そして、このHacintoshtool によって、無事 最新版のr５０９９パッケージをダウンロードできました。
このことを受けて、ようやく r５０９９に移行する勇気が出ました。
b. 「このパッケージは、このバージョンの macOSと互換性がありません。」
のダイヤログがでて、とりあえずインストールしてみるを選ぶと、インストールはうまく行くのです。
–> その通りでした。
Kext Updater（v 3.2.6)のリリースノートにこのr5099のことがチラッと説明があり、SMBIOSがらみでいくつか新たな設定項目が増えたらしく、この項目のどれかが空白のままだと、このような「互換性がない旨のメッセージ」が出るようです。
でも、再起動しても問題なく使えていますので、このままr５０９９パッケージを使います。
追記： 別件ですが、最新WhateverGreen.kextへのアップグレードにおいても、
ー Kext Updaterは 古い1.3.4のままで全く告知されないが、
ー Hacintoshtoolでは 正しく 同1.3.5のリリース 及び ダウンロード可能と告知される
….という差異が発生しています。
-> 個人的な判断で、即 新WhateverGreen.kext 1.3.5へのアップグレードを完了、 問題なく稼動しています。
以上、 折角の投稿された日から かなり遅れての報告（フィードバック）になりましたが、お役に立てれば幸いです。